Gmail には既定のアーカイブ フォルダである All Mail があり、既にすべてのメールを事前にアーカイブします。Gmail のアーカイブコマンドは、本質的に受信トレイからメールを取り除く(すでに All Mail の一部であるためそれだけです)。これは Gmail に特有の挙動です。
削除機能を変更して、ゴミ箱フォルダへ移動する代わりにメールをアーカイブするようにしたい場合は、フォルダのマッピングを変更できます:
設定 | アカウント | あなたの Gmail アカウントを選択 | フォルダ管理 | フォルダ割り当て | ゴミ箱フォルダ | [Gmail]All Mail を選択