O Gmail tem uma pasta de Arquivo padrão chamada Todas as mensagens, que já arquiva automaticamente todas as mensagens. Um comando de Arquivar para o Gmail essencialmente remove o e-mail da Caixa de Entrada e nada mais (pois já faz parte de Todas as mensagens). Esse é um comportamento específico do Gmail.
Se você quiser alterar a funcionalidade de 'Excluir' para que também Arquive seus e-mails em vez de movê-los para a Lixeira, você pode alterar o Mapeamento de Pastas:
Vá para Configurações | Contas | Escolha sua Conta do Gmail | Gerenciamento de Pastas | Mapeamento de Pastas | pasta de Lixeira | Escolha [Gmail]Todas as Mensagens
