O Gmail possui uma pasta de Arquivo padrão chamada All Mail, que já arquiva automaticamente todos os e-mails. Um comando de Arquivar para o Gmail essencialmente remove o e-mail da Caixa de Entrada e basta (já que ele faz parte de All Mail). Esse é um comportamento específico do Gmail.
Se você quiser alterar a funcionalidade de 'Excluir' para que também arquive seus e-mails em vez de movê-los para a Pasta de Lixo, pode alterar o mapeamento de pastas:
Vá para Configurações | Configurações da Conta | Escolha sua Conta do Gmail | Gerenciamento de Pastas | Pasta de Lixo | Escolha [Gmail]All Mail
